Twiin is een zelfstandig programma. Het onafhankelijke en niet-partijdige karakter van Twiin is zichtbaar in de governance en werkwijze. Aangezien het programma geen juridische entiteit is tekent VZVZ voorlopig namens de Twiin Organisatie de overeenkomsten en verklaringen. Eigenaarschap van Twiin ligt bij het Digitaal Transitie Orgaan (DTO). In het kader van besluit Twiin als LVS wordt gekeken naar de toekomstige positie en aansturing van Twiin. De bedoeling is dat het Twiin Afsprakenstelsel op termijn onder publieke sturing komt.