Beheer valt uiteen in beheer van afzonderlijke afspraken die zijn opgenomen in het afsprakenstelsel en beheer van het geheel van afspraken en de naleving daarop. Het beheer van afspraken wordt conform NEN 7522 ingevuld en hoeft daarmee niet altijd bij het Landelijke afsprakenstelsel c.q. Twiin Afsprakenstelsel te liggen. Zo ligt het beheer van TA’s communicatiepatronen op dit moment bij Twiin en is VWS de houder van de TA’s communicatiepatronen. Het beheer van informatiestandaarden ligt bij Nictiz en Twiin Afsprakenstelsel verwijst daarnaar.
Het programma Twiin is in haar rol van het Landelijk afsprakenstelsel verantwoordelijk voor de consistentie van het geheel en beheert de juiste versie-aanduiding en weergave in het afsprakenstelsel.